- 5 -
Christian I pålagde i 1461 grundejerne ved stranden, at "holde og have sit bolværk forfærdiget".
I kraft af kongens anordningsmyndighed kunne det således pålægges grundejerne at sørge for bolværk, men det store problem for havnen gennem hundreder af år, at der blev ledt sand og kastet affald ud i havnen, var ikke løst dermed. Til opmudring i havnen måtte midler skaffes ad anden vej. I 1581 blev den såkaldte havneaccise indført. Den bestod dels i, at alle tilsejlende skibe skulle betale havnepenge beregnet efter læster (vægtenhed), dels i, at tilsejlende købmænd skulle betale havnepenge af varernes værdi. Havnepengene skulle oppebæres af borgmestre og rådmænd, som skulle anvende dem til at forbedre havnen. Dermed var grunden lagt til handelshavnens væsentligste finansieringsgrundlag i flere hundrede år. Havnen fik ikke oprindelig hele accisen, idet bl.a. også Københavns kommune fik en del. Accisen var imidlertid havnens største indtægt til 1865. I 1864 afstod kommunen også sin andel af accisen til havnen.
Der var således tidligt en klar sondring mellem styrelsen af Orlogshavnen, der var kongens, og styrelsen af Handelshavnen, der var et magistratsanliggende, men som statsmagten havde en afgørende indflydelse på.
I Københavns foreløbige privilegier af 1658 blev accisen stadfæstet, og der skulle for fremtiden også betales accise af varer, som solgtes til kronen. Kongens tolder skulle kontrollere, at udgående skibe havde "gjort rigtighed til byen". Det ved privilegierne indførte råd, de 32 mænd (der, var et lokalt råd nærmest som Borgerrepræsentationen i dag), fik i begyndelsen også opgaver i relation til havnen, men flere sagsområder blev i årtierne efter enevældens indførelse i 1660 snart fjernet fra Magistraten og De 32 Mænd og henlagt til særlige kommissioner.
