- 6 -
I løbet af enevældens første årtier blev Københavns Havn således udskilt af den lokale selvforvaltning (Københavns Magistrat og de 32 mænd) og direkte underlagt centraladministrationen. Det skete i flere tempi. Dels havde Københavns Magistrat formodentlig ikke tilstrækkelige økonomiske midler til vedligeholdelse og udbygning, og næppe heller tilstrækkelig administrativ og organisatorisk gennemslagskraft, dels var Københavns Havn for vigtig - for kongen og staten, for sømilitæret og for residens - og hovedstadens materielle forsyning - til at kunne overlades til lokal selvforvaltning, sådan som det var tilfældet med købstædernes havne, hvortil Københavns Havn i øvrigt henregnedes dengang og senere.
Affald i kanalerne og havnen var fortsat et problem, og i 1680 pålagde Christian V stadens præsident, borgmestre og råd m.fl. at sikre, at enhver privat ejer af bolværker på egen bekostning skulle holde deres fortove rent og vedligeholde deres bolværker, således at man undgik, at der blev kastet affald og udledt sand m.v. i havnen.
I 1692 blev administrationen af Københavns Havn definitivt udskilt af Magistratens sagsområde, idet der dog fortsat blev bevaret et element af lokalrepræsentation i direktionen. Havnekassen med kontant beholdning blev overdraget af Magistraten til en særlig havnekommission bestående af kongeligt udnævnte medlemmer. Denne udskillelse af Københavns Havn under absolutismens statssystem var ikke ensbetydende med, at havnen blev en "statshavn" efter at have været kommunal. Havnekommissionen var et lokalt administrativt organ sidestillet med Magistraten, og ligesom denne (og som købstædernes magistrater gennem stiftamterne og amterne) var den underlagt Danske Kancelli og - fra 1702 gennem Holmens chefs medlemskab af Havnekommissionen - i havnetekniske henseender underordnet Admiralitetskollegiet.
